Molecular Plant | 拟南芥蛋白质组图谱的重塑及在发育和免疫中的共同调控！

蛋白质组重塑是一种基本的适应性反应，复杂且功能相关的蛋白质通常是共表达的。近日，权威期刊Molecular Plant发表了德国莱布尼茨植物生物化学研究所Wolfgang Hoehenwarter课题组的最新研究成果，题为Reshaping of the Arabidopsis thaliana proteome landscape and co-regulation of proteins in development and immunity的研究论文。

该课题组科研人员使用深度采样策略，将拟南芥组织核心蛋白质组定义为每个组织约10,000个蛋白质，并在整个植物生命周期中绝对量化（每个细胞的拷贝数）近16,000个蛋白质。对翻译后修饰的蛋白质组进行调查显示，氨基酸交换表明真核生物可能存在翻译不忠实。蛋白质丰度的相关性分析揭示了潜在的新组织和调节光合作用，种子发育以及衰老和脱落的整个信号传导模块的年龄特定作用。其中，数据表明RD26和其他NAC转录因子在种子发育中具有与耐旱性相关的潜在功能，以及富半胱氨酸类受体激酶（CRK）作为衰老中ROS传感器的功能。核糖体生物发生因子（RBF）复合物的所有成分均以组织和年龄特定的方式共表达，表明拟南芥中这些研究较少的蛋白质复合物组装时的功能杂交性。为了测试对基础免疫的深度蛋白质组学方法，科研人员用flg22处理了16小时的幼苗，以详细表征基础免疫中蛋白质组的结构。在flg22暴露的1、3和16小时，平行反应监测（PRM）靶向蛋白质组学，植物激素和转录本测量结果得到了补充。科研人员获得了通过JASMONATE INSENSITIVE 1（MYC2）控制下的IAA-ALA RESISTANT3（IAR3）和JASMONATE-INDUCED OXYGENASE 2（JOX2）的结合和羟基化作用来抑制茉莉酸（JA）和JA-Ile水平的有力证据。此调节开关尚未显示出对flg22的反应，并且是JA在模式触发免疫中尚未被充分研究的另一部分谜团。综上所述，本研究生成的数据集呈现了拟南芥蛋白质组在各种生物学场景中的广泛覆盖，为整个植物科学界提供了丰富的资源。

拟南芥蛋白质组的深度覆盖

拟南芥蛋白质组的组织和发育特异性动力结构

蛋白质组重塑在光合作用的建立和维持以及叶片中光合作用装置的降解和衰老

PTI中植物激素活性的蛋白质组学模型

基于靶标PRM的模式蛋白定量

flg22暴露后的1、3和16小时，野生型和myc234突变体背景中的激素，转录本和蛋白质丰度概况

依赖MYC2的负反馈回路通过IAR3和JOX2的去缀合和羟基化作用来控制JA-Ile和JA水平，使其与JA合成平衡，从而抵抗活体营养病原菌

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